Casi Tanek, pero te has acercado.
Debes hacer los cambios de configuraciones desde el multijugador, sin entrar en ningun server. Es decir, pincha en el acceso directo que tengas en el desktop del cod2 multiplayer y cambia lo que tengas que cambiar. Cierra el juego y luego entra como entras normalmente en un server con mod o sin el.
Las cfg’s que mandan son las que estan en C:/Archivos de Programa/Activision/Call of Duty 2/main/players/tu perfil/config_mp.cfg
Esa config_mp.cfg es la que manda sobre todas las demas. Si ahi efectuas los cambios se te cambiaran todas las configs de todos los demas mods. Si no se te cambia hazlo a mano y copia esa config en el resto de carpetas players de los mods.

A mi me paso lo mismo que a ti y el problema era una chorrada, me di cuenta que el directorio donde había instalado COD2 estaba protegido contra escritura, así que modifique los atributos del arbol de directorios y de todos los archivos y ya pude activar las descargas y que se me quedara la configuración de manera permanente, pero estuve un par de horas que era una pesadilla jajajajajaja

Un cordial saludo,

Pajillero